En primer lugar instalar en nuestro Linux o WSL:
apt install mkvtoolnix / yum install mkvtoolnix
mkvmerge -i film.mkv -> Informacion del mkv sobre las pistas
mkvextract tracks film.mkv 3:subtitles.srt -> Extrae subs de la pista 3
mkvmerge -o output.mkv --no-subtitles film.mkv -> Extrae solo video + audio, no subs
mkvmerge -o film.mkv -S output.mkv newsubtitles.srt -> Crea un mkv con video + audio + nuevos subs incorporados